Hardwareproblemen, stroomuitval en dergelijke storingen veroorzaken beschadigde verwijzingen ("indexen") in het bestandssysteem of zelfs defecte sectoren op de harde schijf. Dit leidt tot gegevensverlies, crashes van het systeem of programma's die niet meer op willen starten. TuneUp Utilities 2012 zorgt met een effectieve controle van uw harde schijf dat deze betrouwbaar blijft werken. TuneUp Disk Doctor markeert beschadigde gebieden en repareert – voor zover mogelijk – de aangetaste gegevens. De volgende vijf gebieden van de harde schijf worden gecontroleerd:

• Sectoren: TuneUp Disk Doctor controleert en corrigeert indien nodig alle gebruikte sectoren van de harde schijf. Dit voorkomt schrijf- en leesfouten.
• Vrije geheugenruimte: TuneUp Disk Doctor doorzoekt alle vrije sectoren op fouten en corrigeert deze.
• Bestands- en mappenstructuur: De inhoud van bestanden en de mappenstructuur worden gecontroleerd.
• Indexen: TuneUp Disk Doctor vindt verkeerde verwijzingen naar bestanden en mappen en herstelt deze.
• Bestandsbeveiliging: TuneUp Disk Doctor corrigeert beschadigde NTFS-machtigingen, die mogelijk de toegang tot bestanden en mappen verhinderen.